בפקולטה לאמנויות הביצוע וקומפוזיציה פועלות חמש מחלקות: המחלקה לפסנתר, המחלקה לכלי נשיפה ונקישה, המחלקה לכלי מיתר ופריטה ע"ש דוד גריץ, המחלקה הווקאלית והמחלקה לתורת המוסיקה, קומפוזיציה וניצוח.
הדגש הניתן בפקולטה הוא על לימודי כלי ראשי במסגרת שיעורים פרטניים ומגוון סדנאות (בארוק, מוסיקה בת זמננו, אופרה, ליווי זמרים, נגינה בפסנתר בארבע ידיים, סדנאות כלי נשיפה ועוד), וכן במסגרת גופי הביצוע של האקדמיה: התזמורת הסימפונית ע"ש מנדי רודן, התכנית הקאמרית למצטיינים ע"ש יונאס וסוראיה נזריאן, סדנת האופרה, מקהלת הסטודנטים ועוד.