המחלקה כוללת את הוראת הכלים הבאים: כנור, ויולה, צ'לו, קונטרבס, גיטרה, מנדולינה, נבל, לאוטה וויולה דה גמבה. הקשתנים במחלקה עומדים במרכז פעילותה של התזמורת הסימפונית החדשה של האקדמיה, ולוקחים חלק פעיל ברוב ההרכבים הקאמריים שלה. כמו-כן, הם משתתפים בהפקות שונות במסגרת כיתת האופרה וסדרת הקונצרטים הראשית של האקדמיה.
במסגרת פעילות מחלקת כלי המיתר מתקיימות כתות אמן רבות של מיטב המורים מהארץ ומהעולם. תלמידי מחלקת כלי המיתר מקבלים הכשרה בהוראת הכלי במסגרת שיעורי המתודיקה המתקיימים בכל אחת מהכתות השונות, וחלקם משתתפים כחונכים וכמורים במסגרת הפרויקט המשותף לקונסרבטוריון ולאקדמיה של התמחות בהוראת נגינה. מחלקת כלי המיתר מאפשרת למספר קבוע של נגני כינור לקבל שיעורי נגינה בויולה למשך שנה אחת.
במסגרת המחלקה מתקיימת תחרות שנתית לכלי קשת על שם דוד גריץ. אחת לשנתיים יכולים חברי המחלקה להשתתף גם בתחרות לנגינת סולו עם תזמורת האקדמיה.