כמוסד לימודים מוביל לאמנויות הביצוע, האקדמיה בירושלים שואפת לפתח אפיקי לימוד חדשים  ולהרחיב את אפשרויות הביטוי וההתפתחות האמנותית. ברוח זו, ייסדה האקדמיה תכנית לימודים חדשה, אשר מקיפה את המגמות האמנותיות הרב-תחומיות המתפתחות ברחבי העולם, ומתייחסות ספציפית לתופעת "המלחין כנגן" וה-"נגן כמלחין". תחום זה משלב מוסיקה ואמנויות נוספות, תוך שימוש בטכנולוגיות מודרניות וביישומי מחשב. בישראל, ובירושלים במיוחד, קיימת מודעות מיוחדת למיזוג תרבויות, ולמפגש בין מזרח ומערב. האקדמיה מתאימה באופן מיוחד להוביל את שיטת הלימוד הדינאמית והייחודית הזו.

מחלקה זו מכשירה זמרים, נגני עוד, כינור, קאנון, נאי, כלי הקשה וכלי נגינה מזרחיים אחרים לסולנים ולנגני הרכבים מזרחיים-ערביים.

תוכנית הלימודים כוללת את לימודי המקאם, תיאוריה של מוסיקה ערבית, היסטוריה של המוסיקה הערבית, סדנאות אילתור, נוסף לקורסים העוסקים במוסיקה המערבית.

המחלקה מכשירה זמרים בתחומים השונים של המוסיקה הווקאלית (אופרה, לידר ואורטוריו) במספר שפות וסגנונות. כל תלמיד מקבל שיעורים בפיתוח קול והכשרה בליווי. בכל שנה מציגה סדנת האופרה של המחלקה מספר הופעות יחד עם האנסמבל הקאמרי או תזמורת האקדמיה, והסטודנטים מקבלים שיעורי משחק. סטודנטים במחלקה לומדים שלוש שפות זרות (גרמנית, איטלקית וצרפתית) ובנוסף, מספר קורסים ייחודיים כגון: ספרות המוסיקה הווקאלית, אמנות שירת הליד ונגינה בפסנתר. מסלול נוסף מציע לימודי שירה של מוסיקת בארוק. 

במסגרת המחלקה לכלי מקלדת, סטודנטים רוכשים השכלה גבוהה בפסנתר, צ'מבלו, עוגב ואקורדיון. המחלקה מציעה מספר מסלולי התמחות: סולו/רסיטלים, ליווי (של זמרים וכלי תזמורת), מוסיקה קאמרית, נגינה בדואט ומוסיקת בארוק (לצ'מבלו, או עוגב). פעילויות המחלקה כוללות גם כיתות אמן, הרצאות וקונצרטים - המועברים ע"י פסנתרנים מובילים מהארץ ומהעולם.

בפקולטה לאמנויות הביצוע ולקומפוזיציה פועלות חמש מחלקות: המחלקה לפסנתר, המחלקה לכלי נשיפה ונקישה, המחלקה לכלי מיתר ופריטה ע"ש דוד גריץ, המחלקה הווקאלית והמחלקה לתורת המוסיקה, קומפוזיציה וניצוח.
הדגש הניתן בפקולטה הוא על לימודי כלי ראשי במסגרת שיעורים פרטניים ומגוון סדנאות (בארוק, מוסיקה בת זמננו, אופרה, ליווי זמרים, נגינה בפסנתר בארבע ידיים, סדנאות כלי נשיפה ועוד), וכן במסגרת גופי הביצוע של האקדמיה: התזמורת הסימפונית ע"ש מנדי רודן, התכנית הקאמרית למצטיינים ע"ש יונאס וסוראיה נזריאן, סדנת האופרה, מקהלת הסטודנטים ועוד.