נשיא האקדמיה בשנים 2003-2012
מנהל המוסיקלי של התזמורת הקאמרית שליד האקדמיה בשנים 1999-2010
דיקאן הפקולטה לאמנויות הביצוע בשנים 1999-2003
ראש מחלקת כלי נשיפה ונקישה בשנים 1994-1999

פרופ' אילן שול כיהן עד שנת 2013 בתפקיד נשיא האקדמיה למוסיקה ולמחול בירושלים, המוסד המוביל בתחום אמנויות הביצוע, היצירה והחינוך במוסיקה ובמחול בארץ. פרופ' אילן שול הינו ראש כיתת הקלרינט ומומחה ללימודי תזמורת, מוסיקה קאמרית ומתודיקה.

משנת 1990 עד שנת 2003 כיהן אילן בתזמורת הסימפונית הישראלית ראשון-לציון (המשמשת גם כתזמורת האופרה הישראלית) בתפקיד ראש קבוצת כלי הנשיפה וקלרניתן ראשי, תפקיד אותו מילא לפני כן במשך שבע שנים בסינפונייטה הישראלית באר-שבע. בפעילותו כקלרניתן הוא מופיע לעיתים קרובות כסולן עם תזמורות שונות והרכבים קאמריים, והיה במשך מספר שנים חבר ב"אנסמבל דורון" למוסיקה של המאה העשרים.

אילן מוזמן באופן קבוע לתת כתות אמן בארץ ובחו"ל. פרופ' שול בוגר אוניברסיטת דרום-קליפורניה, לוס-אנג'לס. בין השנים 1992-1999 מילא תפקיד מנצח משנה של התזמורת הסימפונית הישראלית ראשון-לציון והופיע בקונצרטים מיוחדים ומיני-סדרות רבות. אילן הופיע כמנצח אורח עם הסינפונייטה הישראלית באר-שבע, אנסמבל מוסיקה נובה, התזמורת הקאמרית אשדוד והתזמורת הקאמרית הקיבוצית, בה שימש מנצח בית בשנים 1995-1997.
אילן שול ניצח על הרכבים ותזמורות בסיורים באירופה ובארה"ב.