مسار تعلميّ للقب الثاني (ماجستري بالموسيقى M.Mus) يؤهل مؤدو الموسيقى، الملحنين، قادة الأوركسترا، والمربيّن الموسيقيين بمستوى متقدم مع تخصص وتركيز في الموضوع المركزي.

الى جانب بناء الصيغة والصوت الموسيقي الذاتي (في استمرارية مباشرة لدراسات اللقب الأول في الأكاديمية)، خُصص هذا المسار للقب الثاني لتطوير وتنمية القدرات للمبادرة الفنية، بهدف التأثير على خلف قيادة تربوية - ثقافية - فنية. قد يخدم هذا المسار أيضًا كمرحلة تمهيدًا لدراسات الدكتوراة.

تؤهل الكلية مغنين وعازفين في الأقسام المختلفة وتعدّهم لمسيرة مغنين منفردين، عازفي أوركسترا، عازفين في تركيبات الموسيقى الكامري، عازفين مرافقين، ومعلمي عزف. التشديد هو على الأداء في الآلة المركزية خلال الدروس وفي ورشات متنوّعة (الباروك، الموسيقى المعاصرة، الأوبيرا، مرافقة مغنين، الجاز والمزيد) وفي إطار الجهات الأدائية التابعة للأكاديمية: الأوركسترا السيمفونية على اسم ماندي رودان، جوقة الطلاب، البرنامج الموسيقى الحُجريّة للمتميّزين، كونسورت كون موتو والمزيد. كل هذه تعدّ الطالب لحياته المهنيّة مستقبلًا.

تضم الورشة بشكل شبه مطلق طلابًا من القسم الصوتيّ. أفراد الورشة يعرضون على الأقل أوبيرا واحدة كاملة بالسنة، بالتعاون مع أوركسترا الأكاديمية. مغنون من الورشة شاركوا في العديد من عروض الأوبيرا، أمثال: "الناي السحري"، "دون جوفاني"، "زواج فيغارو"، "مدير الأعمال"، "ديدو وأنياس"، و "لا بوهم". العديد من خريّجي الورشة ينضمون لدور الأوبيرا الرائدة في البلاد والعالم.

جوقة الطلاب تحت إشراف وتوجيه الموسيقى السيد ستانلي سبيربر هي إحدى الهيئات العاملة في الأكاديمية. يحضرها جميع الطلاب الذين ليسوا أعضاء في هيئة تمثيلية أخرى (الأوركسترا الكاميرية أو الجوقة الكاميرية). تجمع ذخيرة الجوقة بين أعمال الأكابيلا، مقطوعات بمرافقة البيانو ومقطوعات للجوقة والأوركسترا. في السنوات السابقة ، أدّت الجوقة أعمالًا مثل القداس لموتسارت بدو ماينور، قداس شومان و قداس شوبرت.

في كل عام تقدم الأكاديمية منحًا في مجال العمل الحُجري من منطلق فهم أن الانتاج الحُجري المجود هو أحد أساليب التعليم الناجعة والأكثر متعة لدفع وتحسين قدرات طلبة الموسيقى المتميّزين. تُوزع المنح بعد اختبارات خاصة بالبرنامج. الحاصلين على المنحة يتوّزعون على تركيبات حُجرية ويتلقون إرشادًا أسبوعيًا من أحد المعلمين الحُجرين في الكادر. في كل فصل تُحدد بضعة "أمسيات حُجرية" يعزف خلالها كل التركيبات بإرشاد مدير البرنامج عازف التشيلو تسفي بلسير. تتم دعوة التركيبات الكامرية للعزف في العروض والحفلات الموسيقية الأهم في البلاد وكذلك يسافرون الى الخارج لتمثيل الأكاديمية.

في كل عا يُختار عدد محدد من الراقصين من بين مجل راقصي الرقص المعاصر في الأكاديمية باختبار. الطلاب الذين ينجحون بعملية الإنتاج ويدرسون ريبرتوار (ذخيرة من احتياطي مسريحات وألحان وأدوار) إسرائيلي بإرشاد المبدعين ومدراء الرقص الرائدين. ينشط الأنسمبل في إطار الدراسة السنوية ويشكل منصة للمعنيين بالتركيز في الأداء. بين مدراء الرقص الضيوف في السنة الأخيرة كانوا: يوسي بيرغ وعوديد غراف، إلعاد شيخطر، طاليا بك، شارون فازانا وعيدان كوهين. 

تشمل الأوركسترا السيمفونية التابعة لأكاديمية الموسيقى والرقص المعاصر في القدس كافة الطلاب الدارسين على آلات العزف في المؤسسة، ويؤدون الريبرتوار المركزي في آداب الموسيقى السيمفونية. طريقة عمل الأوركسترا تشابه عمل فرق موسيقية شبيهة في مؤسسات مرموقة اخرى في أنحاء العالم. كل مشروع أوركسترالي يُفتح بالاختبارات لكافة عازفي الأوركسترا فيبدأ العمل تحضيرًا للعروض في فترة المراجعات المكثفة مع جميع المرشدين من أبرز الفرق الموسيقية في البلاد. في وقت لاحق تتم مراجعات منفردة لكل آلية وترية منفرد ولكل آلة نفخ، وفقط بعدها تجتمع الأوركسترا كاملة للمراجعات الشاملة.