במחלקה למחול מושם דגש על הכשרת הרקדן, המורה, בעל השכלה רחבה בהיסטוריה של המחול ושל המוסיקה. במחלקה פועלות קבוצות ריקוד הפועלות בסדנאות שונות, אשר מעניקות לסטודנטים נסיון במה הן בהופעות בתוך האקדמיה והן בהופעות לקהל הרחב.
נושאי הלימוד היחודיים למחלקה:
1. בלט קלאסי: האסכולה הנלמדת מבוססת על הסגנון הרוסי, ובנוסף לכך על הבלט הקלאסי העכשווי,בהשפעה מערבית.
מטרת הפקולטה היא להכשיר רקדנים, כוריאוגרפים ומורים, אשר ייחשפו לקשת רחבה של נושאים הקשורים לעולם המחול בתחומי הביצוע, ההוראה והיצירה. שילוב של הכשרה מעשית ותיאורטית מציבים דגש על לימודי מחול מושכלים ופיתוח עכשווי של לימודים גבוהים בתחום זה.
מסלול לימודים לקראת תואר שני (מוסמך במוסיקה – M.Mus) המכשיר מבצעי מוסיקה ברמה מתקדמת תוך התמחות והתמקדות במקצוע הראשי.
לצד גיבושה של האמירה האמנותית האישית (כהמשך ישיר של לימודי התואר הראשון באקדמיה), מסלול זה לתואר שני נועד גם לטיפוח היכולת והמוטיבציה ליוזמה אמנותית, במטרה להשפיע על היווצרות מנהיגות תרבותית-חינוכית-אמנותית. מסלול זה יכול לשמש גם כשלב לקראת לימודי דוקטורט.
החוג מכשיר מוסיקאים בתחומי הקומפוזיציה, הניצוח ותורת המוסיקה. הסטודנטים בחוג לומדים יחדיו את המקצועות העיוניים, הנלמדים בקבוצות קטנות יחסית של כעשרה תלמידים. בנוסף לכך מתפצלים התלמידים ללימודי ההתמחות בלימודי תורת המוסיקה, בלימודי קומפוזיציה, בלימודי ניצוח תזמורת ובלימודי ניצוח מקהלות. במקצועות הראשיים הללו מוענקים תואר ראשון ותואר שני, המוכרים על-ידי המועצה להשכלה גבוהה כתארים אוניברסיטאיים: תואר ראשון – B.Mus ותואר שני – M.Mus.
המחלקה לחינוך מוסיקלי מחויב להכשרתם של מורי העתיד אשר הינם גם מוסיקאים העוסקים במוסיקה וכן בהוראה ברמה המקצועית הגבוהה ביותר. חזון המחלקה הוא להכשיר מורים כמחנכים למוסיקה, המעורבים בקהילה ובחברה ומשפיעים על התפתחותה, תרבותה וערכיה.
בהתאם לפילוסופיה זו תכנית הלימודים מובנית על פי שני יעדים אלה:
כמוסד לימודים מוביל לאמנויות הביצוע, האקדמיה בירושלים שואפת לפתח אפיקי לימוד חדשים ולהרחיב את אפשרויות הביטוי וההתפתחות האמנותית. ברוח זו, ייסדה האקדמיה תכנית לימודים חדשה, אשר מקיפה את המגמות האמנותיות הרב-תחומיות המתפתחות ברחבי העולם, ומתייחסות ספציפית לתופעת "המלחין כנגן" וה-"נגן כמלחין". תחום זה משלב מוסיקה ואמנויות נוספות, תוך שימוש בטכנולוגיות מודרניות וביישומי מחשב. בישראל, ובירושלים במיוחד, קיימת מודעות מיוחדת למיזוג תרבויות, ולמפגש בין מזרח ומערב. האקדמיה מתאימה באופן מיוחד להוביל את שיטת הלימוד הדינאמית והייחודית הזו.
מחלקה זו מכשירה נגני עוד, כינור, כלי הקשה וכלי נגינה ערביים אחרים לסולנים ולנגני הרכבים מזרחיים-ערביים. תוכנית הלימוד כולל את לימודי המקאם, תיאוריה של מוסיקה ערבית, היסטוריה של המוסיקה הערבית, סדנאות אילתור, ומאפשרת לימוד נגינה בכלים משניים (כגון דרבוקה). הלימודים כוללים גם חטיבת קורסים העוסקים במוסיקה המערבית.
המחלקה מכשירה זמרים בתחומים השונים של המוסיקה הווקאלית (אופרה, לידר ואורטוריו) במספר שפות וסגנונות. כל תלמיד מקבל שיעורים בפיתוח קול והכשרה בליווי. בכל שנה מציגה סדנת האופרה של המחלקה מספר הופעות יחד עם האנסמבל הקאמרי או תזמורת האקדמיה, והסטודנטים מקבלים שיעורי משחק. סטודנטים במחלקה לומדים שלוש שפות זרות (גרמנית, איטלקית וצרפתית) ובנוסף, מספר קורסים ייחודיים כגון: ספרות המוסיקה הווקאלית, אמנות שירת הליד ונגינה בפסנתר. מסלול נוסף מציע לימודי שירה של מוסיקת בארוק.
במסגרת המחלקה לכלי מקלדת, סטודנטים רוכשים השכלה גבוהה בפסנתר, צ'מבלו, עוגב ואקורדיון. המחלקה מציעה מספר מסלולי התמחות: סולו/רסיטלים, ליווי (של זמרים וכלי תזמורת), מוסיקה קאמרית, נגינה בדואט ומוסיקת בארוק (לצ'מבלו, או עוגב). פעילויות המחלקה כוללות גם כיתות אמן, הרצאות וקונצרטים - המועברים ע"י פסנתרנים מובילים מהארץ ומהעולם.
בפקולטה לאמנויות הביצוע וקומפוזיציה פועלות חמש מחלקות: המחלקה לפסנתר, המחלקה לכלי נשיפה ונקישה, המחלקה לכלי מיתר ופריטה ע"ש דוד גריץ, המחלקה הווקאלית והמחלקה לתורת המוסיקה, קומפוזיציה וניצוח.
הדגש הניתן בפקולטה הוא על לימודי כלי ראשי במסגרת שיעורים פרטניים ומגוון סדנאות (בארוק, מוסיקה בת זמננו, אופרה, ליווי זמרים, נגינה בפסנתר בארבע ידיים, סדנאות כלי נשיפה ועוד), וכן במסגרת גופי הביצוע של האקדמיה: התזמורת הסימפונית ע"ש מנדי רודן, התכנית הקאמרית למצטיינים ע"ש יונאס וסוראיה נזריאן, סדנת האופרה, מקהלת הסטודנטים ועוד.